Esto es más importante de lo que se cree, puesto que con relativa frecuencia, las alelosubstancias son autotóxicas. Así ocurre, por ejemplo, en espárrago, girasol, alfalfa, café, o en frutales como el manzano o el melocotonero, donde las alelosubstancias, junto a problemas de plagas y nematodos, dificultan el mantenimiento del cultivo o la replantación.
   En otros casos es la rotación la que se puede ver afectada, por ejemplo en cultivos de lechuga después de apio, donde la primera tiene problemas de nascencia y crecimiento. En definitiva, aunque se lleva décadas investigando a las alelosubstancias, aún queda mucho por hacer para conseguir un manejo favorable de las mismas.
   Hay diversos países donde se investiga no sólo los aspectos básicos de las alelosubstancias, como pueden ser nuevos vegetales productores y nuevos productos, sino que se trabaja buscando resultados prácticos y aplicables.
   En este sentido práctico, se trabaja en tres líneas principales. La primera es buscando nuevas moléculas con capacidad fitosanitaria (fungicida, herbicida, etc.), cuya principal ventaja es la de ser productos de origen natural, poco tóxicos, que actúan a baja concentración, y fácilmente degradables. El principal inconveniente es hallar un producto estable en el tiempo y con una efectividad tan evidente como los fitosanitarios habituales.
   La segunda línea de acción es la selección de variedades vegetales (por ejemplo ya se trabaja en arroz, maíz, trigo, avena, centeno, acelga, guisante, pepino, altramuz, etc.) con capacidad de competir de forma natural contra las malas hierbas. Puede citarse por ejemplo que la mayoría de gramíneas cultivadas (trigo, cebada, avena, centeno, arroz, sorgo) parecen tener capacidad alelopática. Esta opción me parece, personalmente, con diferencia, mucho más interesante de cara al futuro que las plantas transgénicas. Al margen de otros aspectos más o menos dudosos económicamente o sanitariamente, a diferencia de las plantas transgénicas, e incluso a diferencia de un cultivo no transgénico, una variedad alelopáticamente activa no precisa un manejo del suelo que resulte especialmente agresivo respecto a la microfauna y microflora del suelo.
   La tercera vía de trabajo procura profundizar los conocimientos de las interacciones entre plantas para mejorar las rotaciones o introducir coberteras adecuadas para los cultivos pero perjudiciales para las principales malas hierbas. Se ha experimentado las sucesiones de cultivos y la utilización de cultivos mixtos como forma de sortear a las malas hierbas.

Cultivo de girasol en el que las alelosubstancias pueden causar problemas en el mantenimiento del cultivo o replantación.

Siendo muchas plantas cultivadas potenciales productoras de alelopatinas, capaces de afectar a las malas hierbas, hay diferentes ensayos que indican acertada la utilización de residuos de determinadas cosechas para minimizar la nascencia de malas hierbas, o incluso cultivos de invierno que se añadirán al suelo como cobertera, antes de la siembra en primavera. En este sentido destaca la utilización de centeno más una leguminosa, que muestra un efecto destacado contra la nascencia de plantas de los géneros Amaranthus y Chenopodium.    También se ha mostrado adecuada para limitar el crecimiento de malas hierbas y el mantenimiento del suelo la sucesión de cultivos concretos. Por ejemplo, diversas experiencias indican un efecto destacable en la sucesión en un mismo año de cereales de invierno y de verano (cebada y maíz, cebada y arroz, por ejemplo), dejando los residuos de cosecha en el suelo. Siendo las producciones individuales menores, la suma de producciones es mayor.